1991年，香港黑幫龍頭倪坤被殺，倪氏家族旗下五大頭目中除韓琛（曾志偉）外，均伺機背叛發難，不料卻被倪家不起眼的第二代倪永孝（吳鎮宇）不費一兵一卒牽制，此舉引來重案祖督察黃志誠（黃秋生）的戒心，使其派出警校學生陳永仁（余文樂）滲入倪家進行長期的臥底工作，而韓琛為了鞏固勢力，早在警察內部安插了線人劉建明（陳冠希）。三年後，事業蒸蒸日上的倪永孝為安枕無憂，決意將五大頭目一舉殲滅，卻因疏忽讓韓琛成為漏網之魚。1997年，大難不死的韓琛重出江湖，為替死去的同事報仇，黃志誠找到他商議合作除掉倪永孝的事宜，不久卻發現此舉鑄成大錯，而各自為自己的尷尬身份苦惱的陳永仁和劉建明，則在無間道的路上越行越遠。