在與薩諾斯史詩般的戰爭結束後，地球似乎暫時回歸和平。皮特（湯姆·霍蘭德Tom Holland 飾）回到了校園生活之中，他和好友相去甚遠，並且有了心儀的女孩，然而內心最深處依然放不下對鋼鐵俠的追悼緬懷。在前往歐洲遊學的路上，皮特試圖找機會和個性女孩米歇爾（贊達亞Zendaya 飾）表白，誰知接連出現的元素怪獸打亂了他的表白計劃。在這過程中，與神盾局合作的神秘客（傑克·吉倫哈爾Jake Gyllenhaal 飾）挺身而出，擊退怪獸。自感不堪大任的皮特謝絕了尼克·弗瑞（塞繆爾·傑克遜Samuel L. Jackson 飾），情願將鋼鐵人繼承者的重任交到神秘客手中。令他意想不到的是，更可怕的危機接二連三襲來…