繼上一次的怪獸高燃對戰之後，金剛和哥斯拉將再度聯手對抗一個潛伏在世界中的巨大威脅，並逐步探索這些巨獸們的起源以及骷髏島等地的奧秘。同時，上古之戰的面紗也會被揭曉，而正是那場戰鬥創造了這些超凡的生物，並深刻影響了人類世界的命運。